Auksi 24-31.10.1941 suoritettiin joukkojen uudelleenjärjestely. Vanhimmat ikäluokat, ennen 1912 syntyneet, palautettiin siviiliin. JR 49:ssä uudeleenjärjestely toteutettiin siten, että III P:stä muodostettiin kotiutettavien pataljoona ja koko pataljoona siirrettiin perustamisalueelleen Juvan-Savonlinnan aueelle, miehistö kotiutettiin siellä ja pataljoona lakkautettiin. Myöhemmin, 10.04.1944 muutettiin 2.D:lle alistettuna olleen III/JR 28:n nimi III/JR 49:ksi. .
Muita osin rykmentti pysyi Riihiön lohkolla 11.06. 1944 asti, jolloin Neuvostoliiton suurhyökkäys pakotti Kannaksen suomalaiset joukot vetäytymään taempiin puolustusasemiin.
