23.3.1944 JP 6 sai käskyn valmistautumisesta junakuljetukseen, joka alkaisi Mesterjärven asemalta 25.3. Mitään tietoa määränpäästä ei miehillä ollut, ei edes pataljoonan komentajalla. Junamatka päättyi Turun satamaan, jossa lastauduttiin odottaviin laivoihin. Saattueen hyvin suojaamana matkattiin Maarianhaminaan, jonne tultiin 27.3.
Ahvenanmaalla pataljoonalla alistettiin Merivoimien komentaja kenraaliluutn. Väinö Valvelle. Sen tehtävänä oli varautua torjumaan mahdollinen saksalaisten maihinnousu, jota sodan yleistilanteen muututtua pidettiin mahdollisena. Komppaniat sijoittuivat saaren lounaisosiin ja majoittuivat kouluihin tai tyhjiin maalaistaloihin.
Maihinnousuyrityksiä ei tullut, ja pataljoona sai viettää Ahvenanmaan keväässä mukavat kaksi ja puoli kuukautta. Kun Neuvostoliiton suurhyökkäys alkoi, Päämaja päätti palauttaa JP 6:n Ratsuväkiprikaatin yhteyteen Karjalan kannakselle.
